黨政職能部門

• 黨委辦公室、校長辦公室

• 校董會辦公室

• 校友會辦公室

• 紀委、監察專員辦公室

• 黨委組織部（人才辦）
  黨校、機關黨委

• 黨委宣傳部（意識形態工作領導小組辦公室）

• 黨委統戰部

• 學生工作部、學生處

• 團委

• 工會

• 黨委教師工作部、人事處（名醫管理辦公室）

• 教務處

• 研究生院（學位辦公室）

• 學科建設辦公室

• 科技處（學術委員會辦公室）
  科技成果轉移轉化中心

• 發展規劃處

• 國際合作交流處、對外合作發展辦公室、港澳臺事務辦公室

• 信息化建設管理處（網絡安全和信息化領導小組辦公室）

• 計劃財務處

• 醫院管理處

• 審計處

• 后勤保障處

• 保衛處（武裝部）

• 國有資產管理處
  采購招標管理辦公室

• 基建處

• 離退休工作處

直屬單位

• 教師發展中心

• 高教研究中心、教學質量監控與評價中心

• 圖書館

• 雜志社

• 制藥廠

• 陜西中醫藥博物館

教學科研單位

• 馬克思主義學院

• 體育部

• 基礎醫學院

• 第一臨床醫學院
  中醫系

• 第一臨床醫學院
  中西醫臨床醫學系

• 第二臨床醫學院
  臨床醫學系

• 藥學院

• 針灸推拿學院

• 醫學技術學院

• 護理學院

• 公共衛生學院

• 人文管理學院

• 外語學院

• 國際教育學院

• 繼續教育學院

• 陜西中藥資源產業化省部
  共建協同創新中心

• 醫學科研實驗中心

• 張學文國醫大師工作站

• 郭誠杰國醫大師工作站

附屬醫院

• 陜西中醫藥大學
  第二附屬醫院

• 陜西中醫藥大學
  附屬醫院